Saat ini Prof. Dr. Eko Prasojo sedang menjadi tim ahli dalam penyusunan strategi besar penataan daerah di Indonesia. Penyusunan strategi besar ini merupakan kerjasama antara Departemen Dalam Negeri dan Kemitraan untuk Pembaharuan Tata Pemerintahan (Partnership). Tujuan dari penyusunan strategi besar ini adalah untuk menjawab tuntutan pemekaran yang marak di daerah. Agar pada tahun 2025, dapat diketahui bagaimana strategi penataan daerah di Indonesia.