Eko Prasojo lahir pada tahun 1970 di Kijang, Kepulauan Riau. Menamatkan pendidikan strata 1 di Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Indonesia pada tahun 1995 dengan predikat cumlaude. Master of Public Administration dan Doctor of Public Administration diselesaikan pada Tahun 2000 dan 2003 di Deutsche Hochschule fuer Verwaltungswissenscaften, Speyer, Jerman atas beasiswa DAAD Jerman keduanya dengan predikat cumlaude. Beliau diangkat sebagai Guru Besar Tetap FISIP UI pada usia 35 Tahun 10 bulan.

Prof. Eko aktif menulis artikel di Harian Umum Kompas, Jawa Pos, Sindo dan Media Indonesia, Jurnal dan beberapa media massa lainnya. Selain sebagai dosen di Program Sarjana dan Pascasarjana FISIP UI, beliau juga menjabat sebagai Anggota Senat Akademik UI, Anggota Dewan Guru Besar UI, Anggota Majelis Wali Amanat (MWA) UI, Anggota Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah (DPOD), konsultan pada bantuan Jerman untuk Good Governance di Kantor Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara, dan menjadi konsultan paruh waktu pada beberapa program di Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK). Prof. Eko terlibat dalam berbagai penyusunan Rancangan Undang-Undang antara lain RUU Administrasi Pemerintahan, RUU Tata Hubungan Kewenangan Pusat dan Daerah, RUU Pemerintahan Daerah, RUU Aparatur Negara, Rancangan Peraturan Pemerintah tentang Pedoman Tatalaksana Perizinan dan lain-lain.

Prof Eko yang juga mantan Ketua Senat Mahasiswa FISIP UI periode 1993-1994, banyak melakukan penelitian di bidang Pemerintahan daerah, Pemilu dan Politik serta good governance. Buku yang pernah diterbitkan oleh beliau adalah Reformasi Birokrasi dalam Praktek (2004), Demokrasi di Negeri Mimpi (2005), Federalisme dan Negara Federal (2005), Desentralisasi dan Pemerintahan Daerah (2006), Reformasi dan Inovasi Birokrasi (2007), State Reform in Indonesia (2007) dan Deregulasi dan Debirokratisasi Perizinan di Indonesia (2007). Buku yang akan diterbitkan tahun 2009 berjudul Reformasi Kedua: Melanjutkan Estafet Reformasi, dan Pemerintahan dan Politik Lokal di Jerman dan sebagian di Perancis.